Situato dal 1986 nella ex residenza dei canonici del Duomo, il museo espone opere provenienti dall'attigua piazza dei Miracoli e dal Museo del Duomo oltre che reperti etruschi, egizi e romani tra i quali un grifo bronzeo del XII secolo, il sepolcro dell’imperatore Arrigo VII e l’altare di San Ranieri in marmo dipinto.